Comparação paralela exata de sequências biológicas em plataformas híbridas de alto desempenho

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, Programa de Pós-Graduação em Informática, 2013.Quando uma nova sequência biológica é descoberta, suas características funcionais e estruturais devem ser estabelecidas. Para isso, a sequência é comparada com outras sequências, procurando por similaridades. A comparação de sequências é, então, uma das operações básicas em Bioinformática. O algoritmo mais preciso para executar compara- ções é o proposto por Smith-Waterman (SW), que é baseado em programação dinâmica e possui complexidade quadrática de tempo e espaço. Essa complexidade pode facilmente levar a um alto tempo de execução e uso de memória. Técnicas de processamento paralelo podem ser utilizadas para produzir resultados em menos tempo. Existem muitas versões paralelas do algoritmo SW na literatura que se executam em multicores, GPUs, FPGAs e CellBEs. Mesmo que existam algumas abordagens que executem o algoritmo SW em plataformas híbridas compostas por GPUs e multicores, elas alocam trabalho de forma xa, baseada no desempenho teórico das unidades de processamento ou nos resultados obtidos por benchmarks. Essa dissertação de Mestrado propõe e avalia uma estratégia otimizada e exível para executar o algoritmo SW em plataformas híbridas compostas por GPUs e multicores com extensões SIMD. A nossa estratégia fornece múltiplas polí- ticas de alocação de tarefas e o usuário pode escolher a que é mais apropriada para o seu problema. Propomos também um mecanismo de re-trabalho que trata situações que ocorrem quando nodos mais lentos recebem as últimas e maiores tarefas. Os resultados obtidos comparando sequências de busca com cinco diferentes bancos de dados genômicos em uma plataforma composta por 4 GPUs e 2 multicores mostram que a nossa aborda- gem é capaz de reduzir o tempo de execução em plataformas híbridas, quando comparada com soluções que utilizam apenas GPUs. Mostramos também que o nosso mecanismo de re-trabalho pode melhorar signi cativamente o desempenho na plataforma utilizada. ______________________________________________________________________________ ABSTRACTOnce a new biological sequence is discovered, its functional and structural characteris- tics must be established. In order to do that, the newly discovered sequence is compared against other sequences, looking for similarities. Sequence comparison is, therefore, one of the most basic operations in Bioinformatics. The most accurate algorithm to execute pairwise comparisons is the one proposed by Smith-Waterman (SW), which is based on dynamic programming, with quadratic time and space complexity. This can easily lead to very high execution times and huge memory requirements. Parallel processing can be used to produce results faster, reducing signi cantly the time needed to obtain results with the SW algorithm. There are many parallel versions of SW in the literature, which run in multicores, GPUs, Field-Programmable Gate Arrays (FPGAs) and CellBEs. Even though there are some versions of SW that run on hybrid platforms composed of GPUs and multicores, they assign work in a xed way, based on the theoretical performance of the processing units or in the results obtained by some benchmarks. This MsC Disser-tation proposes and evaluates a exible and optimized strategy to run Smith-Waterman applications in hybrid platforms composed of GPUs and multicores with SIMD extensions. Our strategy provides multiple task allocation policies and the user can choose the one which is more appropriate to his/her problem. We also propose a workload adjustment mechanism that tackles situations that arise when slow nodes receive the last tasks. The results obtained comparing query sequences to 5 public genomic databases in a platform composed of 4 GPUs and 2 multicores show that we are able to reduce the execution time with hybrid platforms, when compared to the GPU-only solution. We also show that our workload adjustment technique can provide signi cant performance gains in our target platform

The elusive impact of R&D grants on firm productivity

This paper evaluates the effectiveness of R&D subsidies, provided by the European Regional Development Funds, on firms’ productivity. Using detailed longitudinal firm-level data covering the period 2007-2019, we employ state of the art differences-in-differences estimators to evaluate the impacts of R&D grants. Positive causal effects on gross value added and labour productivity are discernible for micro- and small-sized firms participating in co-promotion but not in individual projects. However, these effects seem to be elusive. No evidence of a positive effect of these grants on firm performance for medium- and large-sized firms or for individual R&D projects is found. This investigation contributes to a more comprehensive understanding of the relative effectiveness of productivity enhancement programs.The authors acknowledge the funding by National Funds of the FCT - Portuguese Foundation for Science and Technology, project UIDB/03182/2020

Access and equity in health services : a structured review

Artigo de revisão de literatura sobre a organização de serviços da Atenção Primária à Saúde em suas dimensões de acesso e equidade. Os artigos foram identificados nas bases de dados da Biblioteca Virtual em Saúde (Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde - Bireme). Palavras-chave: 'acesso aos serviços de saúde' e 'equidade'; período: 1993 a 2013. Dos 31 artigos encontrados, 29 estão em português, um em inglês e um em espanhol, publicados por 16 diferentes periódicos; 18 artigos (58,06%) referem-se à organização de serviços de saúde e 13 (41,94%) à equidade. A maioria (80,64%) utilizou abordagem qualitativa. Mais estudos são necessários a fim de avaliar se os sistemas de saúde tiveram impactos mensuráveis em termos de acesso e equidade.Literature review article on the organization of Primary Health Care services in its dimensions of access and equity. The articles were identified in the databases of the Virtual Health Library (Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde - Bireme); Keywords: 'access to health services' and 'equity'; period: 1993 to 2013. Of the 31 articles found, 29 are in portuguese, one in english and one in spanish, published by 16 different journals; 18 articles (58.06 %) refer to the organization of health services and 13 (41.94 %) to equity. The majority (80.64 %) used qualitative approach. More studies are needed in order to assess whether health systems had measurable impacts in terms of access and equity

Evaluation of comprehensive care for older adults in primary care services

OBJECTIVE: To evaluate the performance of comprehensive care for older adults in primary care services in the Brazilian Unified Health System in the state of Sao Paulo, Brazil. METHODS: A total of 157 primary care services from five health regions in midwestern Sao Paulo responded, from October to December 2014, the pre-validated 2014 questionnaire for primary care services assessment and monitoring. We selected 155 questions, based on national policies and guidelines on this theme. The responses indicate the service performance in older adults' care, clustered into three areas of analysis: health care for active and healthy aging (45 indicators, d1), chronic noncommunicable diseases care (89 indicators, d2), and support network in aging care (21 indicators, d3). Performance was measured by the sum of positive (value 1) or negative (value 0) responses for each indicator. Services were clustered according to k-means of the performance scores of each domain. After weighting the domains (Z tests), we estimated the associations between the scores of each domain and independent management variables (typology, planning and evaluation of services), with simple and multiple linear regression. RESULTS: Chronic noncommunicable diseases care (d2) showed, for all clusters, better average performance (55.7) than domains d1 (35.4) and d3 (39.2). Service performance in the general area of planning and evaluation associates with the performance of older adults' care. CONCLUSIONS: The evaluated services had incipient implementation of comprehensive care for older adults. The evaluation framework can contribute to processes to improve the quality of primary health care. OBJETIVO: Avaliar o desempenho da atenção integral ao idoso em serviços de atenção primária do Sistema Único de Saúde no estado de São Paulo, Brasil. MÉTODOS: Um total de 157 serviços de atenção primária de cinco regiões de saúde do centro-oeste paulista respondeu, de outubro a dezembro de 2014, o instrumento pré-validado Questionário de Avaliação e Monitoramento de Serviços de Atenção Básica 2014. Foram selecionadas 155 questões, com base nas políticas e diretrizes nacionais sobre essa temática. As respostas indicam o desempenho do serviço na atenção ao idoso, agrupadas em três domínios de análise: atenção à saúde para o envelhecimento ativo e saudável (45 indicadores, d1), atenção às doenças crônicas não transmissíveis (89 indicadores, d2) e rede de apoio na atenção ao envelhecimento (21 indicadores, d3). A medida de desempenho foi a soma de respostas positivas (valor 1) ou negativas (valor 0) para cada indicador. Os serviços foram agrupados segundo k-médias dos escores de desempenho de cada um dos domínios. Após a ponderação dos domínios (testes Z), foram estimadas as associações entre os escores de cada domínio e variáveis independentes de gestão (tipologia, planejamento e avaliação dos serviços), por meio de regressão linear simples e múltipla. RESULTADOS: A atenção às doenças crônicas não transmissíveis (d2) mostrou, para todos os agrupamentos, melhor desempenho médio (55,7) do que os domínios d1 (35,4) e d3 (39,2). O desempenho do serviço na área geral de planejamento e avaliação esteve associado ao desempenho da atenção ao idoso. CONCLUSÕES: Os serviços avaliados apresentaram implementação incipiente da atenção integral ao idoso. O quadro avaliativo pode contribuir para processos de melhoria da qualidade da atenção primária à saúde.publishersversionpublishe

Avaliação da atenção integral ao idoso em serviços de atenção primária

OBJECTIVE: To evaluate the performance of comprehensive care for older adults in primary care services in the Brazilian Unified Health System in the state of São Paulo, Brazil. METHODS: A total of 157 primary care services from five health regions in midwestern São Paulo responded, from October to December 2014, the pre-validated 2014 questionnaire for primary care services assessment and monitoring. We selected 155 questions, based on national policies and guidelines on this theme. The responses indicate the service performance in older adults’ care, clustered into three areas of analysis: health care for active and healthy aging (45 indicators, d1), chronic noncommunicable diseases care (89 indicators, d2), and support network in aging care (21 indicators, d3). Performance was measured by the sum of positive (value 1) or negative (value 0) responses for each indicator. Services were clustered according to k-means of the performance scores of each domain. After weighting the domains (Z tests), we estimated the associations between the scores of each domain and independent management variables (typology, planning and evaluation of services), with simple and multiple linear regression. RESULTS: Chronic noncommunicable diseases care (d2) showed, for all clusters, better average performance (55.7) than domains d1 (35.4) and d3 (39.2). Service performance in the general area of planning and evaluation associates with the performance of older adults’ care. CONCLUSIONS: The evaluated services had incipient implementation of comprehensive care for older adults. The evaluation framework can contribute to processes to improve the quality of primary health care.OBJETIVO: Avaliar o desempenho da atenção integral ao idoso em serviços de atenção primária do Sistema Único de Saúde no estado de São Paulo, Brasil. MÉTODOS: Um total de 157 serviços de atenção primária de cinco regiões de saúde do centro-oeste paulista respondeu, de outubro a dezembro de 2014, o instrumento pré-validado Questionário de Avaliação e Monitoramento de Serviços de Atenção Básica 2014. Foram selecionadas 155 questões, com base nas políticas e diretrizes nacionais sobre essa temática. As respostas indicam o desempenho do serviço na atenção ao idoso, agrupadas em três domínios de análise: atenção à saúde para o envelhecimento ativo e saudável (45 indicadores, d1), atenção às doenças crônicas não transmissíveis (89 indicadores, d2) e rede de apoio na atenção ao envelhecimento (21 indicadores, d3). A medida de desempenho foi a soma de respostas positivas (valor 1) ou negativas (valor 0) para cada indicador. Os serviços foram agrupados segundo k-médias dos escores de desempenho de cada um dos domínios. Após a ponderação dos domínios (testes Z), foram estimadas as associações entre os escores de cada domínio e variáveis independentes de gestão (tipologia, planejamento e avaliação dos serviços), por meio de regressão linear simples e múltipla. RESULTADOS: A atenção às doenças crônicas não transmissíveis (d2) mostrou, para todos os agrupamentos, melhor desempenho médio (55,7) do que os domínios d1 (35,4) e d3 (39,2). O desempenho do serviço na área geral de planejamento e avaliação esteve associado ao desempenho da atenção ao idoso. CONCLUSÕES: Os serviços avaliados apresentaram implementação incipiente da atenção integral ao idoso. O quadro avaliativo pode contribuir para processos de melhoria da qualidade da atenção primária à saúde

RISK FACTORS ASSOCIATED WITH SUICIDE IN DOLESCENCE: INTEGRACTIVE REVIEW FROM 2004 TO 2019

Introdução: O suicídio na adolescência constitui-se num importante problema de saúde pública mundial e, é desencadeado por diversos fatores socioeconômicos e culturais. Trata-se de uma doença incapacitante visto que são graves e negativos os impactos psicossociais que decorrem das tentativas de suicídio tanto para o indivíduo, quanto para seus familiares. O estudo objetiva descrever os principais fatores de risco associados ao suicídio na adolescência, presentes na literatura. Método: É um estudo de revisão integrativa realizado a partir de dados secundários obtidos, por meio de busca de artigos no período de 2004 a 2019, acessando as bases de dados Scientific Electronic Library Online (SCIELO), Literatura Latino-Americana e do Caribe em Ciências da Saúde (LILACS), Cochrane Library, Web of Science, PubMed. Resultados e discussão: A maioria dos estudos apontam que as mu¬lheres estão mais propensas à ideação suicida e os homens, à prática do ato suicida. Os principais estudos sobre o tema indicam a depressão como sendo o principal fator de gatilho que impulsiona uma mudança de ideação suicida para um intento suicida. Pesquisas sugerem que a automutilação não suicida é um preditor robusto de futuras tentativas de suicídio; no entanto, automutilação não-suicida raramente tem sido considerada dentro de uma estrutura de ideação para ação. Abuso de substâncias psicoativas e, problemas nos núcleos familiar e escolar configuram fortes preditores de comportamento suicida entre os adolescentes. Conclusão: O suicídio é um fenômeno complexo que traz consequências negativas não só para família da vítima, mas também para o meio social no qual o adolescente está inserido. As adversidades da infância (especialmente as violências físicas e abusos sexuais) são poderosos indicadores do início e persistência de comportamentos suicidas. Logo, a escola, principal local em que adolescente convive, tem papel estratégico para a promoção e proteção da saúde dos alunos em conjunto com ações governamentais de apoio à prevenção do suicídio.    Palavras-chave: autolesão não suicida; Suicídio; Tentativas de suicídio; Adolescência, fatores para suicídio. ABSTRACT Introduction: The suicide in the adolescence consist in an important problem of world public health, and is triggered by several socioeconomic and cultural factors. It is an incapacitating disease since the psychosocial impacts resulting from suicide attempts are serious and negative. This study aims to describe the main risk factors associated with suicide in adolescence, present in the literature. Method: This is an integrative review study based on secondary data obtained through the search of articles from 2004 to 2019, by accessing the Scientific Electronic Library Online (SCIELO), Latin American and Caribbean Literature databases Health Sciences (LILACS), Cochrane Library, Web of Science, PubMed. Results and discussion: Most studies indicate that women are more prone to suicidal ideation and men suicidal acts. Major studies on the subject indicate that depression is the main trigger factor that drives a shift from suicidal ideation to a suicidal attempt. Research suggests that non-suicidal self-mutilation is a robust predictor of future suicide attempts; however, non-suicidal self-mutilation has rarely been considered within a framework of ideation for action. Abuse of psychoactive substance and problems in the family and school nuclei are strong predictors of suicidal behavior among adolescents. Conclusion: Suicide is a complex phenomenon that has negative consequences not only for the victim’s family but also for the social environment in which the adolescent is inserted. The adversities of childhood (especially physical violence and sexual abuse) are powerful indicators of the onset and persistence of suicidal behavior. Therefore, the school, the main place where adolescents live, plays a strategic role in promoting and protecting students’ health in conjunction with government actions to support suicide prevention. Key-words: non suicide self-injury; Suicide; Suicide attempts; Adolescence, factors for suicide.ABSTRACT Introduction: The suicide in the adolescence consist in an important problem of world public health, and is triggered by several socioeconomic and cultural factors. It is an incapacitating disease since the psychosocial impacts resulting from suicide attempts are serious and negative. This study aims to describe the main risk factors associated with suicide in adolescence, present in the literature. Method: This is an integrative review study based on secondary data obtained through the search of articles from 2004 to 2019, by accessing the Scientific Electronic Library Online (SCIELO), Latin American and Caribbean Literature databases Health Sciences (LILACS), Cochrane Library, Web of Science, PubMed. Results and discussion: Most studies indicate that women are more prone to suicidal ideation and men suicidal acts. Major studies on the subject indicate that depression is the main trigger factor that drives a shift from suicidal ideation to a suicidal attempt. Research suggests that non-suicidal self-mutilation is a robust predictor of future suicide attempts; however, non-suicidal self-mutilation has rarely been considered within a framework of ideation for action. Abuse of psychoactive substance and problems in the family and school nuclei are strong predictors of suicidal behavior among adolescents. Conclusion: Suicide is a complex phenomenon that has negative consequences not only for the victim’s family but also for the social environment in which the adolescent is inserted. The adversities of childhood (especially physical violence and sexual abuse) are powerful indicators of the onset and persistence of suicidal behavior. Therefore, the school, the main place where adolescents live, plays a strategic role in promoting and protecting students’ health in conjunction with government actions to support suicide prevention. Keywords: non suicide self-injury; Suicide; Suicide attempts; Adolescence, factors for suicide&nbsp

Microtomografia computadorizada de raios-X na caracterização morfométrica dos poros de Neossolo Regolítico Eutrofico

O arranjo, orientação e organização dos grãos do solo de diferentes características são fatores determinísticos da estrutura do solo, como também, da porosidade desse meio. A porosidade possui forte influência na aeração, na transferência de água/solutos/gases/calor, na resistência à penetração e ramificação de raízes e no desenvolvimento de microorganismos, podendo ser um elemento importante na determinação da qualidade de um solo. A avaliação morfométrica do espaço poroso de um Neossolo Regolítico Eutrófico (NRe) utilizando a Microtomografia Computadorizada de Raios-x é objetivo deste estudo, onde foram analisados os atributos físicos do solo e os tamanhos, as formas e as inclinações dos vazios intra-agregados. O NRe apresentou uma porosidade de 28% (27% de vazios inter-agregados e 1% de vazios intra-agregados) e 73% de agregados. Cerca de 73% dos vazios intra-agregados possuem volumes entre 1,278 x 10-4 a 6,545 x 10-2 mm³. Há um maior volume de vazios complexos e alongados, os quais favorecem a condução de água pelo solo, e um maior volume de poros achatados, podendo indicar um certa compactação desse meio. Os vazios apresentaram-se em sua maioria como quase horizontais e inclinado, resultado da resistência a penetração de raízes devido a presença de lamelas argilosas nesse solo. A aplicação de microtomografia computadorizada de raios-X se mostrou eficiente na caracterização micromorfométrica da porosidade do solo

Efeito De Intervenções De Educação Alimentar E Nutricional Nas Medidas Antropométricas De Escolares

ABSTRACT: The objective was to identify in the scientific literature which food and nutrition education interventions promote the reduction of anthropometric measures in schoolchildren. Methods: integrative literature review. The search was carried out in the following databases: PUBMED, SCIELO (Online Electronic Scientific Library) and LILACS (Latin American Literature in Health Sciences). The search terms used in the Health Sciences (DeCS) and MESH descriptors: child AND food AND educational nutrition AND obesity. Data collection took place in October and November 2021. Conclusion: the strategies that had the most results for reducing measures in schoolchildren, based on the collected studies, were the distribution of pamphlets and meetings with schoolchildren in which themes were addressed on the proportions of healthy eating; Educational game and weekly lectures on topics related to healthy eating; educational workshops on the preparation of snacks with fruit and the development of health education programs with topics on nutrition and physical activity. The introduction of nutritional food education actions should be carried out from the beginning of school life so that individuals develop an interest and curiosity for food and thus acquire healthy habits to maintain body weight properly.RESUMEN: El objetivo fue identificar en la literatura científica qué intervenciones en educación alimentaria y nutricional promueven la reducción de medidas antropométricas en escolares. Métodos: revisión integrativa de la literatura. La búsqueda se realizó en las siguientes bases de datos: PUBMED, SCIELO (Biblioteca Científica Electrónica en Línea) y LILACS (Literatura Latinoamericana en Ciencias de la Salud). Los términos de búsqueda utilizados en los descriptores de Ciencias de la Salud (DeCS) y MESH: niño Y alimentación Y nutrición educativa Y obesidad. La recolección de datos se llevó a cabo en los meses de octubre y noviembre de 2021. Conclusión: las estrategias que tuvieron más resultados para la reducción de medidas en escolares, a partir de los estudios recolectados, fueron la distribución de folletos y reuniones con escolares en los que se abordaron temas sobre las proporciones de salud comiendo; Juego educativo y conferencias semanales sobre temas relacionados con la alimentación saludable; talleres educativos sobre la preparación de refrigerios con frutas y el desarrollo de programas de educación en salud con temas de nutrición y actividad física. La implantación de acciones de educación alimentaria nutricional debe llevarse a cabo desde el inicio de la vida escolar para que las personas desarrollen el interés y la curiosidad por la comida y así adquieran hábitos saludables para mantener adecuadamente el peso corporal.  RESUMO: O objetivo foi identificar na literatura científica quais as intervenções de educação alimentar e nutricional promovem a redução das medidas antropométricas em escolares. Métodos: revisão integrativa da literatura. A busca foi realizada nas seguintes bases de dados: PUBMED, SCIELO (Biblioteca Científica Eletrônica em Linha) e LILACS (Literatura Latino-Americana em Ciências da Saúde). Os termos de busca utilizados nos descritores em Ciências da Saúde (DeCS) e MESH: child AND food AND nutrition educativo AND obesity. A coleta de dados ocorreu no mês de outubro e novembro de 2021. Conclusão: as estratégias que tiveram mais resultados para redução de medidas em escolares, com bases nos estudos coletados, foram a distribuição de panfletos e encontros com os escolares na qual foram abordados temas sobre as proporções de alimentação saudável; Jogo didático e palestras semanas abordando temas pertinentes à alimentação saudável; oficinas educativas de elaboração de lanches com frutas e o desenvolvidos de programas de educação em saúde com tópicos de nutrição e atividade física. A introdução das ações de educação alimentar nutricional devem ser feitas desde o início da vida escolar para que os indivíduos desenvolvam o interesse e curiosidade pelos alimentos e assim possam adquirir hábitos saudáveis para a manutenção do peso corporal de forma adequada. &nbsp